一般来说,除了阳离子离子色谱法或氧化电化学检测器外,不需要钝化系统。液相色谱系统内可能存在的污染物来自人体接触、暴露于实验室化学环境、与部件制造相关的残留物或来自先前流动相和样品的残留物。

虽然系统本身会被流动相逐渐清洗,但一些释放出来的杂质会吸附在柱上和检测器的湿表面上,从而降低整体性能。磷酸清洗通常用于去除系统中的有机杂质。由于洗涤,它似乎比强有机溶剂更好、更快。此清洗步骤须在硝酸钝化前完成。
硝酸钝化实际上是作用于不锈钢表面,在表面形成均匀的氧化层。这种氧化膜保护不锈钢不受腐蚀、卤化物、螯合剂等的影响,并大限度地减少金属离子进入流动相。所有氨基酸分析系统;包含电化学检测器的所有系统;无机阳离子分析的所有系统;使用柱后衍生试剂或络合样品成分的所有系统。
以下应用在使用前只需要磷酸清洗,包括在低pH环境中可能在低紫外检测波长下工作的所有常规系统;所有需要高灵敏度性能的梯度紫外检测系统。在执行本程序的过程中,应采取适当的安全预防措施来准备工作。色谱柱应拆下,用双向或接头代替。