采集水样应注意无菌操作，以防止杂菌混入。取水样时，选用带有防尘磨口瓶塞的广口瓶。对于用氯气处理过的水，取样前在每500ml的水样中加入2ml的1.5%的溶液。
在取自来水时，水龙头嘴的里外都应擦干净。再用酒精灯灼烧水龙头灭菌，然后把水龙头打开，放水5min~10min后再将水龙头关小，采集水样。这样的取样方法能确保供水系统的细菌学分析的质量，但是如果检测的目的是用于追踪微生物的污染源，建议还应在龙头灭菌之前去水样或在龙头的里边和外边用棉拭子涂抹取样，以检测龙头自身污染的可能性。
从水库、池塘、井、河流等处取水样时，用无菌的器械或工具拿取瓶子和打开瓶塞。应先将无菌取样器浸入水下1cm~15cm处（井水则在水下50cm深处采样），然后掀起瓶塞采集水样。流动水区应分别采取靠岸边及水流中 心的水。如果不具备适当的取样仪器或临时取样工具，只能用手操作，但取样时应特别小心，防止用手接触水样或取样瓶内部。
（8）空气样品的采取
空气的取样方法，有直接沉降法和过滤法。
在检验空气中细菌含量的各种沉降法中，平皿法是早的方法之一，到目前为止，这种方法在判断空气中浮游微生物分次自沉现象方面仍具有一定的意义。平皿法就是将琼脂平板或血液琼脂平板放在空气中暴露一定时间，然后37℃培养48h，计算所生长的菌落数。
